نشانگرهای issr

چکیده:

علف باغ (Orchard Grass) با نام علمی Dactylis glomerata L. گونه ای از گراس های پایا و دگر گرده افشان می باشد که در ایران از پراکنش مطلوبی برخوردار است. اگرچه جنس Dactylis طی دهه های گذشته به میزان زیادی مورد مطالعه قرار گرفته است، لیکن اطلاعات کمی در مورد تنوع ژنتیکی و الگوهای جمعیتی جمعیت های طبیعی این گیاه در مناطق مرتعی وجود دارد. هدف از این پژوهش شناسایی تنوع ژنتیکی این گونه در منطقه آذربایجان شرقی می باشد.

 در این پژوهش، بذور 25 جمعیت Dactylis glomerata L. در مزرعه پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی شمالغرب و غرب کشور در تبریز به صورت طرح آزمایشی بلوک های کامل تصادفی با 3 تکرار کشت گردید. سپس 34 ژنوتیپ (تک بوته) توسط 22 نشانگر ISSR مورد بررسی قرار گرفتند.

با توجه به نتایج حاصل از نشانگرهای ISSR، در مجموع 424 جایگاه در ژنوم مورد تکثیر قرار گرفت که از این تعداد، 34 جایگاه در بین تمام ژنوتیپ های مورد مطالعه، تک شکل و 390 جایگاه نیز دارای چندشکلی یا پلی مورف بودند. میانگین درصد چندشکلی ژنوتیپ های D. glomerata L. مورد بررسی توسط نشانگرهای ISSR، 39/70 درصد برآورد شد. همچنین مقدار میانگین PIC (محتوای اطلاعات چندشکل) برای نشانگرهای ISSR، برابر با 288/0، حداقل مقدار PIC برای نشانگر ISSR14 (175/0) و حداکثر مقدار PIC متعلق به نشانگر ISSR22 (341/0) بود. گروه بندی ژنوتیپ های D. glomerata L.  بر اساس نشانگرهای ISSR، توسط نرم افزارهای Mega 4.0.2 و Structure انجام گرفت. نتایج حاصل از گروه بندی توسط نرم افزار Mega 4.0.2، ژنوتیپ ها را در 4 گروه و توسط نرم افزار Structure ژنوتیپ ها را در 2 گروه قرار داد.

نتایج حاکی از آن است که کاربرد نشانگر ISSR جهت تمایز جمعیت های خویشاوندی نزدیک دارای مزیت بالایی بوده و نقش بسزایی در تفکیک و تمایز افراد دارد. همچنین میانگین تنوع آللی بالا در نشانگرهای ISSR بیانگر سطح وسیع تنوع ژنتیکی در جمعیت های D. glomerata L. است. در کل می توان گفت که نشانگر مولکولی ISSR تنوع بالایی را میان ژنوتیپ ها نشان داده و ابزار مناسبی برای بررسی تنوع ژنتیکی D. glomerata L. می باشد.

چکیده: به منظور بررسی تنوع ژنتیکی بین جمعیت های هندوانه بومی ایران،24 جمعیت بومی به همراه یک رقم خارجی (دورگ F-1 شرکت ساکاتا) با استفاده از صفات مورفولوژیک و نشانگرهای ISSR مورد مطالعه قرار گرفتند. برای بررسی تنوع مورفولوژیکی، جمعیت ها در مزرعه و در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی در سه تکرار کاشته شده و صفات مورفولوژیک آن ها شامل تعداد میوه در بوته، طول بلندترین شاخه، وزن میوه، طول و عرض میوه و ضخامت پوست میوه اندازه گیری شد. نتایج تجزیه واریانس نشان داد که بین جمعیت ها از نظر تمام صفات مورفولوژیک مورد بررسی اختلاف معنی دار وجود داشت. گروه بندی جمعیت ها بر اساس صفات مورفولوژیک با استفاده از تجزیه کلاستر، آن ها را در چهار گروه مجزا قرار داد. در بررسی تنوع با استفاده از نشانگر مولکولی، ده آغازگر مورد استفاده 87 مکان قابل امتیازبندی تولید کردند که از این تعداد 75 مکان چندشکل بودند. مقادیرPIC برای آغازگرهای مورد استفاده از 52/0 (آغازگر P4) تا 91/0 (آغازگر UBC864) متغیر بوده و میانگین آن 83/0 برآورد شد. دندروگرام حاصل از تجزیه کلاستر به روش UPGMA مبتنی بر ضرایب تشابه ژنتیکی جاکارد، جمعیت ها را در هفت گروه قرار داد. کمترین و بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت های کردستان و کرمانشاه و جمعیت های مازندران و خراسان بود. نتایج این پژوهش نشان داد که نشانگرهای ISSR به طور موثری می توانند برای مطالعه تنوع ژنتیکی جمعیت های هندوانه بومی ایران استفاده شوند و از میان آغازگرهای استفاده شده، UBC864 و UBC823 مناسب ترین آغازگرها برای مطالعات بعدی تشخیص داده شدند.

چکیده: بررسي روابط ژنتيكي در گياهان زراعي پيش نياز هر برنامه اصلاحي در آن گياهان ميباشد و در طي آن اطلاعات ژنتيكي در مورد تنوع جمعآوري ميشود. اين تحقيق طي سال 1393 در آزمايشگاه ژنتيك دانشگاه علوم كشاورزي و منابع طبيعي گرگان بر روي 18 ژنوتيپ مختلف گندم نان بومي ايران انجام شد. ژنوتيپهاي مورد مطالعه از بانك ژن موسسه تحقيقات ژنتيك گياهي (IPK) از كشور آلمان دريافت شد. 12 آغازگر ISSR در اين تحقيق مورد استفاده قرار گرفت و 10 آغازگر نوارهاي مختلفي را تكثير كردند. از 102 نوار نمره دهي شده، 84 نوار چندشكل بوده و درصد چندشكلي كل 82/35 درصد محاسبه گرديد. پارامترهاي نشانگري براي آغازگرها محاسبه شد به طوري كه سه نشانگر ISSR-19 ، ISSR-18 و ISSR-20 با دارا بودن بيشترين پارامترهاي نشانگري به عنوان بهترين آغازگرها جهت بررسي تنوع ژنتيكي گندم در اين تحقيق معرفي ميشوند. تجزيه خوشهاي بر اساس داده هاي مولكولي، ژنوتيپها را در چهار گروه جداگانه قرار داد.

چکیده: اين تحقيق به منظور بررسي تنوع ژنتيكي 59 ژنوتيپ برنج با استفاده 10 نشانگر مولكولي بين ريز ماهواره اي ISSR انجام گرفت . در مجموع 144 باند با ميانگين 14/4 باند به ازاي هر جايگاه نشانگري ايجاد نمود و از 144 باند تشكيل شده 69/17 درصد از باندها چندشكل بودند. آغازگر ISSR-3 با 19 باند وتوالي آغازگري (CCTA)4 بيشترين تعداد باند و آغازگر ISSR-5 با 8 باند و توالي آغازگري (CCA)4 كمترين تعداد باند را به خود اختصاص دادند. آغازگر ISSR-10 با توالي آغازگري (GT)6CC بيشترين درصد چندشكلي( 80 درصد) و آغازگر ISSR-9 با توالي آغازگري (ACTG)4 كمترين درصد چندشكلي (55/55) داشتند. بيشترين محتواي اطلاعات چند شكل (PIC) را آغازگر ISSR-7 با 0/49 و آغازگرهايي ISSR-9 ،ISSR-8 ،ISSR-2 و ISSR-10 با 0/47 كمترين مقدار PIC را به خود اختصاص دادند. نشانگر ISSR-10 با 34/8 بيشترين شاخص نشانگري (MI) و نشانگر ISSR-4 با 28/23 كمترين مقدار شاخص نشانگري را داشتند. آغازگر ((GT)6 CC) ISSR-10 ) با دارا بودن بيشترين درصد چندشكلي( 80 درصد) و شاخص نشانگري (38/4) نشانگر مناسب براي بررسي تنوع ژنتيكي ژنوتيپهاي برنج بود. دندروگرام حاصل از تجزيه خوشهاي با استفاده از UPGMA ، براساس نشانگرهاي ISSR ژنوتيپهاي مورد ارزيابي در دو گروه اصلي قرار گرفتند. نتيجه گرفت شد ژنوتيپهاي كه در يك گروه قرار گرفتند، با وجود تفاوتهاي ظاهري داراي تعداد تواليهاي تكراري مشابه هستند.

چکیده: مطالعه روابط ژنتیکی، پیش نیازی برای اصلاح گیاهان زراعی و هم چنین پیش نیازی برای حفظ و نگهداری منابع ژنتیکی است. با توجه به اینکه کلزای هیبرید عملکرد بیشتری از لاین های اینبرد دارد، لزوم تعیین تنوع ژنتیکی در این گیاه از اهمیت ویژه ای برخوردار است در این مطالعه تنوع ژنتیکی 36 ژنوتیپ جنس Brassica با استفاده از 13 نشانگر ISSR مورد ارزیابی قرار گرفت. در مجموع 267 قطعه تکثیری امتیازدهی شدند که از این تعداد 257 مکان چند شکلی (96/38%) نشان دادند. میانگین PIC و MI به ترتیب 0/34 و 6/48 بدست آمد. آغازگر ISSR16 بالاترین مقدار PIC، 0/4 را نشان داد. نتایج نشان داد که میانگین شاخص های نشانگری شامل تنوع ژنتیکی نی، ضریب شانون، تعداد آلل موثر به ترتیب 0/34، 0/51، 1/58 می باشد. ترسیم تجزیه خوشه ایبا استفاده از ضریب تشابه جاکارد و الگوریتم UPGMA ژنوتیپ های مورد بررسی را به 3 گروه و3 گروه فرعی تفکیک نمود که حاکی از گروه بندی بر اساس دو سطح پلوییدی، تتراپلویید و دیپلویید می باشد. تنوع ژنتیکی نشان داده شده بوسیله نشانگر ISSR در این پژوهش نشان دهنده این است که این نشانگر میتواند برای شناسایی تفاوت های بین گونه ای و همچنین داخل گونه ای در مطالعات فیلوژنتیکی استفاده شود و به منظور بررسی دقیق تر روابط و ساختار ژنتیکی ژنوتیپ های کلزا همزمان با بکارگیری صفات مورفولوژیکی پیشنهاد می شود.

چکیده: به منظور بررسي تنوع ژنتيكي جمعيت هاي لاله واژگون (Fritillaria imperialis L.) منطقه زاگرس ايران از نشانگرهاي مولكولي ISSR و 32 صفت مورفولوژيكي استفاده گرديد. در كل 160 نمونه لاله واژگون از 8 جمعيت زاگرس واقع در 6 استان جمع آوري و مورد بررسي قرار گرفت. با استفاده از 6 آغازگر مورد استفاده، در مجموع 57 نوار توليد شد كه 49 نوار چندشكل بودند. ميانگين درصد چندشكلي مشاهده شده برابر 6‎/85 درصد و ميانگين تعداد نوارهاي چندشكل به ازاي هر واحد سنجش برابر با 17‎/8 درصد بود. ميانگين محتواي اطلاعات چندشكل 31‎/0 بود. در دندروگرام حاصل از خوشه بندي نمونه ها بر اساس ضرايب تشابه جاكارد و روش گروه بندي UPGMA، همه جمعيت هاي مورد بررسي تشكيل خوشه مجزايي دادند كه بيانگر كارايي بالاي آغازگرهاي مورد استفاده در تكثير قطعات مناسب از ژنوم است. تجزيه واريانس مولكولي (AMOVA)‎ درون و بين 8 جمعيت لاله واژگون با گروه بندي ناحيه اي و بدون گروه بندي ناحيه اي انجام شد. واريانس بين جمعيت ها و بين افراد اين جمعيت ها به ترتيب 05‎/44 و 95‎/55 درصد از كل واريانس را پوشش دادند. گروه بندي ناحيه اي نتوانست درصدي از واريانس كل را توجيه كند. دندروگرام حاصل از صفات مورفولوژيكي الگوي مشخصي مبني بر جدا سازي افراد متعلق به جمعيت ها ارائه نداد. همبستگي بين ماتريس هاي تشابه بر مبناي داده هاي مولكولي و مورفولوژيكي معني دار نبود (25‎/0 r=).


کليدواژگان: صفات مورفولوژيكي ، لاله واژگون ، تنوع ژنتيكي ، زاگرس ، نشانگرهاي ISSR

چکیده: 17 اکوتیپ سس زراعی از نواحی مختلف ایران با استفاده از نشانگرهای ISSR و پروتئینی مورد ارزیابی قرار گرفتند. از ده آغازگر ISSR، در مجموع 361 باند نمره دهی شد که در بین آنها 347 باند چند شکل بودند. میانگین PIC (محتوای اطلاعات چند شکلی) بر پایه داده های ISSR و پروتئینی، به ترتیب 66/0 و 4/0 محاسبه گردید. تجزیه خوشه ایو پلا ت های PCA حاصل از ضریب تشابه دایس، همخوانی بالایی داشتند. آنالیز واریانس مولکولی بر پایه داده های ISSR، تنوع کلی را به %81 (تنوع بین جمعیت ها) و %19 (تنوع داخل جمعیت ها) و بر پایه داده های پروتئینی به %85 (تنوع بین جمعیت ها) و %15 (تنوع داخل جمعیت ها) تقسیم نمود. تنوع زیاد بین اکوتیپ ها ممکن است نتیجه خودگشنی بالای این گیاه، جریان ژنی محدود و سرعت پایین انتقال دانه گرده و دانه باشد. آگاهی از تنوع ژنتیکی این علف‎هرز با استفاده از ابزارهای ملکولی متفاوت، می تواند منجر به پیشرفت برنامه های مدیریتی به منظور کنترل ثر این علف هرز در زمین های زراعی شود.

چکیده: استفاده از منابع ژنتيكي در اصلاح گياهان نيازمند مطالعه دقيق تنوع ژنتيكي جمعيت هاي گياهي است. به اين منظور ساختار و تنوع ژنتيكي 80 ژنوتيپ از 8 جمعيت مختلف يونجه زراعي (Medicago sativa L.) با استفاده از نشانگرهاي ISSR مورد بررسي قرار گرفت. 16 آغازگر مورد استفاده 117 مكان قابل امتياز بندي توليد كردند كه از اين تعداد 91 مكان در بين و درون جمعيت ها چندشكل بودند. ميانگين مقادير PIC (Polymorphic information content) براي آغازگرهاي مورد استفاده 77/0 و از 65/0 (آغازگر UBC849) تا 93/0 (آغازگر 443) متغير بود. دندروگرام حاصل از تجزيه كلاستر به روش UPGMA مبتني بر ضرايب فاصله ژنتيكي ني، جمعيت ها را در سه كلاستر اصلي قرار داد. بيشترين و كم ترين فاصله ژنتيكي بين جمعيت ها به ترتيب 128/0 (قره يونجه ملك كندي و همداني) و 054/0 (تركيه ساكوئل و بغدادي) بود. متوسط ميانگين هتروزيگوسيتي در جمعيت هاي مورد مطالعه 285/0 و از 267/0 (بغدادي) تا 309/0 (تركيه ساكوئل و محلي اصفهاني) متغير بود. نتايج حاصل از تجزيه واريانس ملكولي (AMOVA) تنوع ژنتيكي بالايي را در درون جمعيت ها (91 درصد) در مقايسه با بين جمعيت ها (9 درصد) نشان داد. تجزيه كلاستر بر اساس روش Complete Linkage مبتني بر ضرايب تشابه دايس، ژنوتيپ هاي مورد مطالعه را در 6 گروه هتروتيك قرار داد. جمعيت هايي با فاصله ژنتيكي مناسب يا افراد متعلق به گروه هاي هتروتيك مختلف مي تواند به طور بالقوه به عنوان والدين تلاقي در برنامه هاي اصلاحي يونجه مورد استفاده قرار گيرند.

کليدواژگان: تجزيه واريانس ملكولي، نشانگرهاي ISSR، يونجه زراعي(Medicago sativa L.)

چکیده: در این پژوهش، تنوع ژنتیکی در جمعیت زنبورهای استان کرمان با استفاده از دو آغازگر ISSR مورد ارزیابی قرار گرفته است. در این طرح از 30 زنبور در شش جمعیت (کرمان، جیرفت، راین، رابر، بردسیر و فلو) نمونه برداری شد. با استفاده از آغازگرهای (AC)8G و (AGAC)4GC تعداد 16 قطعه DNA تکثیر شد که همه چند شکل بودند. تعداد قطعات تولید شده در پروفایل های DNA شهرهای مختلف از دو تا هشت قطعه، با اندازه هایی که از 150 تا 1000 جفت باز متغیر بود تغییر می کرد. میانگین شاخص شانون بر اساس نشانگر (AC)8G برای جمعیت زنبور عسل جیرفت، کرمان، فلو (زنبور بومی جیرفت)، راین، رابر و بردسیر به ترتیب 52/0، 36/0، 50/0، 61/0، 42/0 و 19/0 در نظر گرفته شد و بر اساس نشانگر(AGAC)4GC برای جمعیت زنبور عسل جیرفت، کرمان، فلو (زنبور بومی جیرفت)، راین، رابر و بردسیر به ترتیب 52/0، 51/0، 46/0، 39/0، 41/0 و 27/0 بود. آنالیز خوشه ایبا استفاده از روش UPGMA انجام شد. دندروگرام رابطه ژنتیکی بین 30 فرد در 6 جمعیت به دست آمد. هاپلوتیپ ها محاسبه شد و فراوانی ها در هر جمعیت مقایسه شد. براساس نتایج کلیه معیارهای ژنتیکی انجام شده در این بررسی، می توان نتیجه گرفت که توده های زنبورعسل این استان دارای تنوع بوده، ولی این تنوع ژنتیکی متوسط است. هم چنین نتایج این پژوهشمی تواند اطلاعات ملکولی پایه ای برای مطالعه بیشتر زنبورهای عسل بومی با نشان گرهای ISSR را فراهم آورد.