„Kirjokansivirales“ – Versionsunterschied

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* Gene, die an der [[Morphogenese]] der Viruspartikel ([[Virion]]en) beteiligt sind: Das Haupt[[kapsidprotein]] ({{enS|Main Capsid Protein}}, MCP), die Basisplatte (engl. {{lang|en|''Baseplate Hub''}}), u.&nbsp;a.<ref name="Liu2020"/><ref name="Liu2021"/>
* Gene, die an der [[Morphogenese]] der Viruspartikel ([[Virion]]en) beteiligt sind: Das Haupt[[kapsidprotein]] ({{enS|Main Capsid Protein}}, MCP), die Basisplatte (engl. {{lang|en|''Baseplate Hub''}}), u.&nbsp;a.<ref name="Liu2020"/><ref name="Liu2021"/>
* Gene für die Genom[[replikation]]: [[PCNA]] und MCM<!--welches MCM?-->
* Gene für die Genom[[replikation]]: [[PCNA]] und MCM<!--welches MCM?-->
* Gene mit anderen Funktionen: [[Endonuklease]]n, [[Rad52]] ([[:en:RAD52|<nowiki>[en]</nowiki>]]), [[Homing-Endonuklease|GIY-YIG]] und HNH.
* Gene mit anderen Funktionen: [[Endonuklease]]n, [[Rad52]], [[Homing-Endonuklease|GIY-YIG]] und HNH.
Ihre [[Wirt (Biologie)|Wirte]] sind [[halophil]]e (salzliebende) Archaeen, sie selbst werden daher informell (nicht-taxonomisch) als [[Haloviren]] klassifiziert ([[#Systematik|s.&nbsp;u.]]).
Ihre [[Wirt (Biologie)|Wirte]] sind [[halophil]]e (salzliebende) Archaeen, sie selbst werden daher informell (nicht-taxonomisch) als [[Haloviren]] klassifiziert ([[#Systematik|s.&nbsp;u.]]).


Version vom 1. Januar 2024, 16:10 Uhr

Kirjokansivirales

Morphotypen der Kirjokansivirales:
Podo- (links) und Siphoviren (rechts)

Systematik
Klassifikation: Viren
Realm: Duplodnaviria[2][3][1][4]
Reich: Heunggongvirae
Phylum: Uroviricota
Klasse: Caudoviricetes[2]
Ordnung: Kirjokansivirales[1]
Taxonomische Merkmale
Genom: dsDNA unsegmentiert
Baltimore: Gruppe 1
Symmetrie: ikosaedrisch, tailed
Hülle: keine
Wissenschaftlicher Name
Kirjokansivirales
Links
ICTV Taxon History: 202112155
NCBI Taxonomy: 2942676
Clusteranalyse unter den Archaeen­viren der Caudo­viricetes (arTVs). Mitte und oben links: Thum­leima­virales, Mitte und oben rechts: Kirjokansi­virales, unten: Methano­ba­virales.

Kirjokansivirales ist eine vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) im März 2022 mit der Master Species List (MSL) #37 neu geschaffene Ordnung von Viren innerhalb der Klasse Caudoviricetes.[5][6] Die Einrichtung dieser Klasse geschah im Zug der Reorganisation dieser Klasse von Viren mit Kopf-Schwanz-Aufbau (die zuvor von der früheren Ordnung Caudovirales im taxonomischen Rang hochgestuft worden war). Diese Reorganisation war nötig geworden, nachdem Genomanalysen eine sehr große Heterogenität dieser heutigen Klasse gezeigt hatten, die sowohl Bakterienviren als auch Archaeenviren (englisch archaeal tailed viruses, arTVs) umfasst, und deren Genom grundsätzlich aus einem dsDNA-Molekül besteht, das entweder linear oder ringförmig geschlossen sein kann.[6][7]

Die Ordnung Kirjokansivirales umfasst eine Klade (Verwandtschaftsgruppe) von solchen arTVs, die in der Genome Relationships Applied to Virus Taxonomy (GRAViTy) genannten Clusteranalyse eine als Cluster II bezeichnete Klade bildeten.[6][8]

Einige der in diesem Cluster angesiedelten Viren bildeten eine Gruppe auf Familienebene; für sie wurde die Familie Haloferuviridae eingerichtet, bestehend aus einigen monotypischen Gattungen, d. h. mit nur jeweils einer Spezies (Art). Drei weitere Viren aus dieser Analyse waren mit den Mitgliedern der Haloferuviridae als Ausreißer im Netzwerk verbunden. Für sie wurde daher jeweils eine neue Familie eingerichtet (Pyrstoviridae, Shortaselviridae und Suolaviridae), von denen jede (zunächst) nur eine Gattung und diese nur eine Spezies für das jeweilige Virus enthielten.[6]

Die in der neuen Ordnung Kirjokansivirales zusammengefassten Viren teilen sich mehrere Gene, darunter:

Ihre Wirte sind halophile (salzliebende) Archaeen, sie selbst werden daher informell (nicht-taxonomisch) als Haloviren klassifiziert (s. u.).

Etymologie

Die Bezeichnung Kirjokansivirales leitet sich ab von „Kirjokansi“ (ausgesprochen [ˈkirjoˌkɑnsi]), einem Begriff aus der finnischen Mythologie.[6] Im finnischen Epos Kalevala ist es ein magischer Gegenstand, der seinem Besitzer Reichtum und Glück bringt, darunter auch als wertvolles Gut Salz,[6] eine Anspielung auf wird die Halophilie der Viren dieser Ordnung bzw. ihrer Archaeenwirte.

Systematik

Die meisten der von den Mitgliedsviren gebildeten Gattungen und Familien umfassen jeweils nur ein Mitglied, was darauf hindeutet, dass die genetische Vielfalt dieser Archaeenviren noch weitgehend unerforscht ist.[6] Die folgende Liste hat den Stand Mitte März 2023 (MSL #37):[5][6][7]

Klasse Caudoviricetes

  • Ordnung Kirjokansivirales (halophile arTV Klade II: Archaeen-Viren mit Kopf-Schwanz-Struktur: Siphoviren und Podoviren; 4 Familien)[6][7]
    • Familie Graaviviridae (früher Flexireviridae, Siphoviren, 2 Gattungen)
      • Gattung Beejeyvirus (1 Spezies)
        • Spezies Beejeyvirus BJ1 mit Archaeenvirus BJ1 (engl. Archaeal BJ1 virus, BJ1); Wirt: Halorubrum cf. saccharovorum[9]
      • Gattung Seejivirus (1 Spezies)
        • Spezies Seejivirus CGphi46 mit Halorubrum-Virus CGphi46 (engl, Halorubrum virus CGphi46, CGphi46)[10]
    • Familie Haloferuviridae (Siphoviren, 3 Gattungen)
      • Gattung Dpdavirus (1 Spezies)
        • Spezies Dpdavirus HRTV29 mit Halorubrum tailed virus 29 (HRTV-29)
      • Gattung Retbasiphovirus (1 Spezies)
        • Spezies Retbasiphovirus HFTV1 mit Haloferax tailed virus 1 (HFTV1)[11]
      • Gattung Saldibavirus (1 Spezies)
        • Spezies Saldibavirus HRTV4 mit Halorubrum tailed virus 4 (HRTV-4)[12]
    • Familie Pyrstoviridae (Siphoviren, 1 Gattung)
      • Gattung Hatrivirus (1 Spezies)
        • Spezies Hatrivirus HATV3 mit Haloarcula tailed virus 3 (HATV-3)
    • Familie Shortaselviridae (Podoviren, 1 Gattung)
      • Gattung Lonfivirus (1 Spezies)
        • Spezies Lonfivirus HSTV1 mit Haloarcula sinaiiensis tailed virus 1 (HSTV-1)[13]

Einzelnachweise

  1. ↑ a b ICTV: ICTV Master Species List 2021.v1, New MSL including all taxa updates since the 2020 release, March 2022 (MSL #37).
  2. ↑ a b ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  3. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2020.v1, New MSL including all taxa updates since the 2019 release, March 2021 (MSL #36).
  4. ↑ ICTV: ICTV Master Species List 2021.v2, New MSL including some corrections.
  5. ↑ a b ICTV: Kirjokansivirales.
  6. ↑ a b c d e f g h i j Ying Liu, Tatiana A. Demina, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen, Mart Krupovic (ICTV Archaeal Viruses Subcommittee): Create three new orders and 14 new families in the class Caudoviricetes (Duplodnaviria, Uroviricota) for classification of archaeal tailed viruses. Vorschlag 2021.001A an das ICTV, zip(docx,xlsx). Oktober 2020.
  7. ↑ a b c d Ying Liu, Tatiana A. Demina, Simon Roux, Pakorn Aiewsakun, Darius Kazlauskas, Peter Simmonds, David Prangishvili, Hanna M. Oksanen, Mart Krupovic: Diversity, taxonomy, and evolution of archaeal viruses of the class Caudoviricetes. In: PLOS Biology, Band 19, Nr. 11, e3001442, 9. November 2021; doi:10.1371/journal.pbio.3001442, PMID 34752450, PMC 8651126 (freier Volltext).
  8. ↑ Pakorn Aiewsakun, Peter Simmonds: The genomic underpinnings of eukaryotic virus taxonomy: creating a sequence-based framework for family-level virus classification. In: Microbiome, Band 6, Nr. 38, 20. Februar 2018; doi:10.1186/s40168-018-0422-7, PMID 29458427.
  9. ↑ NCBI Taxonomy Browser: Archaeal BJ1 virus, equivalent: Archaeal virus BJ1 (species); Archaeal BJ1 virus complete genome: NC_008695.1
  10. ↑ NCBI: Halorubrum phage CGphi46 (species)
  11. ↑ Carolina M. Mizuno, Bina Prajapati, Soizick Lucas-Staat, Telesphore Sime-Ngando, Patrick Forterre, Dennis H. Bamford, David Prangishvili, Mart Krupovic, Hanna M. Oksanen: Novel haloarchaeal viruses from Lake Retba infecting Haloferax and Halorubrum species. In: Environmental Microbiology. Band 21, Nr. 6, sfam, 28. März 2019; doi:10.1111/1462-2920.14604.
  12. ↑ Darius Kazlauskas, Mart Krupovic, Česlovas Venclovas: The logic of DNA replication in double-stranded DNA viruses: insights from global analysis of viral genomes. In: Nucleic Acids Research. Band 44, Nr. 10, 2. Juni 2016, S. 4551​–4564; doi:10.1093/nar/gkw322, PMC 4889955 (freier Volltext), PMID 27112572.
  13. ↑ David Prangishvili, Dennis H. Bamford, Patrick Forterre, Jaime Iranzo, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic: The enigmatic archaeal virosphere. In: Nature Reviews Microbiology. Band 15. Jahrgang, Nr. 12, 10. November 2017, S. 724–739, doi:10.1038/nrmicro.2017.125, PMID 29123227 (englisch). Siehe insbes. Fig. 1.
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