A modalidade Capacitação Técnica tem o objetivo de treinar e aperfeiçoar técnicos e alunos de cursos técnicos de nível médio e superior, que participem de atividades de apoio a projetos de pesquisa vigentes em Instituições de Estado de São Paulo, financiados pela FAPESP. Os projetos são desenvolvidos sob a responsabilidade de um Pesquisador Principal, vinculado a instituições superiores de ensino e pesquisa no Estado de São Paulo. A seleção é feita por meio de análise pelos pares.